Развитая сеть автомобильных и железнодорожных магистралей, близость к государственной границе делают Шахты важным транспортным узлом западной части Ростовской области. Шахты расположены на пересечении двух автомагистралей федерального значения – М-4 «Дон», соединяющей центр России с югом, и М-19 – М-4 «Майский — Новошахтинск — граница с Украиной», связывающей Ростов-на-Дону с Киевом. Через город проходят дороги регионального значения « Шахты - Каменоломни», «Шахты - Новочеркасск», «Шахты - Владимировка», « Шахты - Усть-Донецк». Плотность автомобильных дорог общего пользования с твердым покрытием в городе составляет 1914 км на 1000 км². Общая протяженность дорог– 566 км, в т.ч. 263 км грунтовых дорог и 303 км дорог с усовершенствованным покрытием.

Шахты пересекает Северо-Кавказская железная дорога. На территории города размещена железнодорожная станция Шахтная. Помимо этого, к городу примыкает крупный железнодорожный узел Каменоломни с опорной станцией, вагонным и локомотивным депо.

От речных портов Ростова-на-Дону и Усть-Донецка Шахты удалены на 66 км и 84 км, от морских портов Таганрога и Азова – на 142 км и 95 км. Расстояние до аэропорта Ростова-на-Дону – 66 км.